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根據(jù)結構，可以把表位分為構象決定簇、線性決定簇及新抗原決定簇
1、構象決定簇
在蛋白質(zhì)分子折疊時，由線性氨基酸序列的相隔離的氨基酸殘基而形成的空間構象，稱為構象決定簇（conformational determinant）。如溶菌酶分子上的表位來自一級序列的兩個相隔離的氨基酸殘基，所以蛋白質(zhì)或者肽類抗原的抗原決定簇依賴于其一級結構和空間結構。
2、線性決定簇
蛋白質(zhì)抗原上的表位是由相鄰連續(xù)的或非連續(xù)的氨基酸序列形成的局部表面結構。在共價序列的鄰近氨基酸殘基形成的表位稱為線性決定簇（linear determinant)。據(jù)估計，能與抗體形成特異性結合的線性決定簇的大小為6個氨基酸殘基左右。一般情況下，線性決定簇不能與抗體的抗原結合部位接觸，只有在其變性時被暴露。
3、新抗原決定簇
有一種在天然蛋白質(zhì)分子中不存在或不被暴露的抗原決定簇，經(jīng)過特定的蛋白酶水解后才形成或被暴露出來，這種抗原決定簇稱為新抗原決定簇（neoantigenic determinant）。
